In de omgeving van Alphen zijn tal van prehistorische vondsten gedaan die duiden op vroege bewoning van deze streek. Deze gaat terug tot 2000 à 3000 jaar v.Chr. De Romeinen legden een heerbaan aan tussen het huidige Antwerpen en Mechelen, via het huidige Alphen naar Nijmegen. Ook was er de Maastrichtse Baan die van Dordrecht liep naar Tongeren en Maastricht.

Het dorp werd voor het eerst vermeld in het Liber Aureus van de Abdij van Echternach, waarin het jaartal 21 mei 709 werd opgetekend. In dat jaar zou de allodiale heer Engelbert uit Alphen aanzienlijke bezittingen aan deze abdij hebben geschonken. Ook zou er in dit jaar een kerk te Alphen zijn gesticht. Uiteindelijk kwam het wereldlijk bestuur aan de Heren van Breda en behoorde Alphen dan ook tot de Baronie van Breda.

Ook lag nabij Alphen, en wel bij het kruispunt van de Romeinse heerbanen de Commanderij van de Tempeliers, Ter Brake. Dit was de enige Commanderij van de Tempeliers in Nederland. Deze Commanderij is waarschijnlijk in 1144 gesticht. Vermoedelijk zijn de Heren van Breda bij deze stichting betrokken geweest. De Tempeliers verwierven diverse goederen in een aantal buurtschappen nabij het huidige Alphen, alsmede in Chaam. In Alphen bezaten ze een molen en het molenrecht. De orde werd echter in 1312 opgeheven, waarna de bezittingen van de Tempeliers in handen van de Johannieter Orde kwamen. Over het lot van de Alphense Tempeliers is niets met zekerheid bekend. Mogelijk zijn ze opgegaan in de Johannieter Orde.

In 1542 werd het dorp door de Gelderse troepen van Maarten van Rossum gansch afgebrandt en ook in de daaropvolgende jaren vond plundering, brandschatting en verwoesting plaats.Tegenwoordig is Alphen een klein dorp dat vooral van de landbouw en het toerisme leeft.